Як згадувала донька Володимира Семеновича Інна Шоходько: «Я пам’ятаю, як батько вперше привів мене на своє нове місце роботи. Тут не було нічого, лише голі стіни і порожнеча. Власноруч днями і ночами він відбудовував і створював все те, що ми зараз бачимо. Його не цікавили кошти, адже він відмовився від посади викладача училища культури і мистецтв, яка приносила більший прибуток, на користь роботи директора музею. Коли мама нарікала на відсутність коштів, тато казав: «Я страждаю за ідею».
Урочисте відкриття Ніжинського краєзнавчого музею відбулось 4 листопада 1967 року.
Його першим директором і було призначено В.С. Шоходько, який у подальшому очолював відроджений заклад протягом 20 років.
Будучи головою правління (з 1968 р.) Ніжинського відділення Всеукраїнського товариства охорони пам’яток історії та культури, опікувався збереженням ніжинської старовини. Близько 100 об’єктів історико-культурної спадщини були внесені ним особисто та науковими співробітниками музею до реєстру нерухомих пам’яток історії та культури Міністерства культури УРСР, укладені охоронні зобов’язання та складені наукові паспорти.
Ім’я Володимира Семеновича Шоходько залишилось в його численних краєзнавчих публікаціях, дбайливо і ретельно оформлених фото та документальних архівах, в численних анкетах ніжинців – учасників Другої світової. У встановленні за його ініціативи та безпосередній участі пам’ятника мореплавцю Ю. Лисянському, нового пам’ятника загиблим у бою під Дорогінкою міліціонерам, меморіальних дошок академіку живопису Ю.Феддерсу, Герою Радянського Союзу І.Гетьману, академіку АН СРСР В. Державіну, члену-кореспонденту АН СРСР В.Рєзанову, меморіального пам’ятного знаку на місці садиби, де пройшли дитячи роки Сергія Корольова.
До 50-річчя Ніжинського краєзнавчого музею на будівлі по вулиці Батюка, 14 було відкрито меморіальну дошку – «У цьому будинку 4 листопада 1967 року було відкрито Ніжинський краєзнавчий музей, одним з фундаторів та першим директором (1967 – 1986 рр.) якого був Володимир Семенович Шоходько – краєзнавець, пам’яткознавець, музейник».
Наталія Дмитренко, заступник директора музею з наукової роботи